small RNA-seq


项目介绍

Small RNA是一类重要的体内调节分子,长度在18-30 nt之间,主要包括miRNApiRNAsiRNA。它的功能主要是诱导基因沉默,参与基因转录后调控,从而调节细胞生长、分化,以及个体发育、生殖等重要生物学过程。高通量测序技术可以对样本中所有small RNA家族进行测序和表达定量,从而解析miRNAsiRNApiRNA和其它非编码RNA以及相应靶序列。

测序使用Illumina Xten平台,测序原始数据质控后,进行Clean reads 长度分布统计,small RNA注释,已知 miRNA 注释,已知piRNA注释,ncRNA分析,新 miRNA 预测(有参考基因组),差异基因可视化分析,miRNA 家族分析,差异表达 miRNA 聚类分析,miRNA靶基因预测,靶基因GOKEGG富集分析。


实验流程图


分析内容

1. 真核有参small RNA



案例介绍(报告下载)

样品需求

1. 对于需要进行RNA抽提的样品,请使用新鲜取样的实验材料,当场分成小块后立即用液氮或干冰乙醇速冻,保存于-80°C冰箱,埋于足量的干冰中用保温箱寄送。对于用RNA组织保存液寄送的样品,请按照RNA组织保存液说明保存和寄送。对于部分特殊样品,可以将组织在液氮中研磨后用TRIzol悬浮后用普通冰袋寄送,具体情况请先沟通技术支持人员。

2. 对于细胞样品,送样量需达到107(10的7次方)数量级。富集后用RNA组织保存液保存和寄送。另外,也可将富集到的细胞置于2ml Ep管中,用1ml TRIzol重悬,埋于足量的干冰中用保温箱寄送。

3. 对于血液样本,仅接收未冻存过的抗凝血新鲜样本。抗凝剂不可使用肝素钠,可用EDTA或ACD抗凝剂,取血后以冰袋保存,切记不能使血液冻结,从取血之时开始计算,须在72小时之内送达生工上海总部高通量测序部。如果不能提供新鲜样本,则请提供从血液中提取的总RNA样本。

4. 对于微生物样品,请客户如实声明所属物种;对于可能致病的微生物,生工保留拒收的权利。细菌样品送样量需至少达到107(10的7次方)数量级,将细菌富集后,用液氮或干冰乙醇速冻,保存于-80°C冰箱,埋于足量干冰寄送。


常见问题

问:如果同一个样本既要做mRNA测序又要做small RNA测序,是不是要送2份样品?

答:只要total RNA完整度、浓度、纯度合格,一份样品即可。