无参转录测序(真核/原核)


项目介绍

    测序使用Illumina Xten平台,测序原始数据质控后进行拼接,并进一步对拼接所得转录本进行功能注释、CDDCDS分析,SNP分析,SSR标记开发等分析。在计算基因的表达量后,进行基因表达差异及差异基因GOKOG(原核生物为COG)、KEGG功能富集分析,KEGG pathway等分析。对于多个样本,可进行重复相关性检查、共表达分析、PCA主成分分析。另外,还可以进行基因功能互作、蛋白网络互作等分析,深入研究基因功能,进一步揭示基因间互作网络等信息,为研究网络调控机理提供方向。

实验流程图

真核转录组实验流程



原核转录组实验流程


分析内容


案例介绍(报告下载)

样品需求

1. 对于需要进行RNA抽提的样品,请使用新鲜取样的实验材料,当场分成小块后立即用液氮或干冰乙醇速冻,保存于-80°C冰箱,埋于足量的干冰中用保温箱寄送。对于用RNA组织保存液寄送的样品,请按照RNA组织保存液说明保存和寄送。对于部分特殊样品,可以将组织在液氮中研磨后用TRIzol悬浮后用普通冰袋寄送,具体情况请先沟通技术支持人员。

2. 对于细胞样品,送样量需达到107(10的7次方)数量级。富集后用RNA组织保存液保存和寄送。另外,也可将富集到的细胞置于2ml Ep管中,用1ml TRIzol重悬,埋于足量的干冰中用保温箱寄送。

3. 对于血液样本,仅接收未冻存过的抗凝血新鲜样本。抗凝剂不可使用肝素钠,可用EDTA或ACD抗凝剂,取血后以冰袋保存,切记不能使血液冻结,从取血之时开始计算,须在72小时之内送达生工上海总部高通量测序部。如果不能提供新鲜样本,则请提供从血液中提取的总RNA样本。

4. 对于微生物样品,请客户如实声明所属物种;对于可能致病的微生物,生工保留拒收的权利。细菌样品送样量需至少达到107(10的7次方)数量级,将细菌富集后,用液氮或干冰乙醇速冻,保存于-80°C冰箱,埋于足量干冰寄送。

常见问题

问:1.我取生物体的哪部分组织比较好?

答:只要能够做总RNA提取的组织都可以做mRNA-seq。所以建议客户查找相关资料,根据研究目的,选取相应的组织。例如,您想知道某一类基因在不同处理条件下的表达量差异,则选取该类基因会有大量表达的组织部位来做测序。

问:2.mRNA-seq有参考基因组分析和无参分析的区别在哪里?

答: 区别在于: 1)是否拼接。原始数据QC之后,有参分析将reads mapping至参考基因组序列,无参则进行拼接得到转录本和基因。 2)分析内容有部分差异。有参考基因组的分析内容中有样本测序序列在染色上的密度分布统计、可变剪切分析、新转录本预测等分析,这些是无参分析所没有的内容;但是无参分析内容中有SSR分析,是有参分析所不包括的内容。