全长转录组 Iso-seq


项目介绍

    使用Pac Bio 三代测序SMRT RS IISequel平台,对全长转录组测序(isoform sequencing),无需组装,可获得mRNA的全长序列;全长转录组测序更侧重于mRNA结构的研究,能够准确获得mRNA的同源异构体、单碱基变异、可变剪接、同源基因、等位基因等信息。除了普通二代测序常规分析内容,数据分析还包括:新基因、新亚型分析,融合基因预测,ncRNA预测,ncRNA靶基因预测等。

实验流程图


案例介绍(报告下载)

样品需求

1.RNA样品:总量>5µg/文库,C>300ng/ul,RIN≥8。

2.原始样品:总量>0.5g,其余要求与转录组二代测序要求相同,尽量保持样本新鲜,以得到完整的mRNA。

常见问题

问:我用哪个机型?测多少数据量比较合适?

答:测序机型SMRT Sequel,通量为3.5-7 Gb;测序机型SMRT RSII,通量为0.5-1 Gb。数据量参考指标:8Gb约可得到20万个全长转录本信息。可根据所研究物种的基因组大小决定机型和数据量。