有参转录测序(真核/原核)


项目介绍

    转录组(transcriptome)广义上指某一生理条件下,细胞内所有转录产物的集合,狭义上指所有mRNA的集合。转录组是研究基因表达的主要手段,是连接基因组遗传信息与生物功能的蛋白质组的纽带。转录水平的调控是生物体最重要的调控方式,通过转录组测序分析转录水平的调控,是目前运用最多的研究方式。

    测序使用Illumina Xten平台,测序原始数据经过质控后,mapping至参考基因组序列,对mapping到基因上的reads进行计数,计算基因的表达量后,进行基因表达差异及差异基因GOKOG(原核生物为COG)、KEGG功能富集分析,KEGG pathway等分析。对于多个样本,可进行重复相关性检查、共表达分析、PCA主成分分析。另外,依据参考基因组,可进行诸如基因覆盖度、测序饱和度等验证性分析;可变剪切分析、SNP/InDel分析、新转录本预测以及联合miRNA数据进行关联分析等分析。另外,还可以进行基因功能互作、蛋白网络互作等分析,深入研究基因功能,进一步揭示基因间互作网络等信息,为研究网络调控机理提供方向。

实验流程图

真核转录组实验流程


原核转录组实验流程


分析内容




案例介绍(报告下载)

样品需求

1. 对于需要进行RNA抽提的样品,请使用新鲜取样的实验材料,当场分成小块后立即用液氮或干冰乙醇速冻,保存于-80°C冰箱,埋于足量的干冰中用保温箱寄送。对于用RNA组织保存液寄送的样品,请按照RNA组织保存液说明保存和寄送。对于部分特殊样品,可以将组织在液氮中研磨后用TRIzol悬浮后用普通冰袋寄送,具体情况请先沟通技术支持人员。

2. 对于细胞样品,送样量需达到107(10的7次方)数量级。富集后用RNA组织保存液保存和寄送。另外,也可将富集到的细胞置于2 ml Ep管中,用1 ml TRIzol重悬,埋于足量的干冰中用保温箱寄送。

3. 对于血液样本,仅接收未冻存过的抗凝血新鲜样本。抗凝剂不可使用肝素钠,可用EDTA或ACD抗凝剂,取血后以冰袋保存,切记不能使血液冻结,从取血之时开始计算,须在72小时之内送达生工上海总部高通量测序部。如果不能提供新鲜样本,则请提供从血液中提取的总RNA样本。

4. 对于微生物样品,请客户如实声明所属物种;对于可能致病的微生物,生工保留拒收的权利。细菌样品送样量需至少达到107(10的7次方)数量级,将细菌富集后,用液氮或干冰乙醇速冻,保存于-80°C冰箱,埋于足量干冰寄送。

常见问题

问:真核生物mRNA-seq一般测多少数据量?原核生物mRNA-seq一般测多少数据量?

答: 真核生物mRNA-seq我们提供的标准数据量为6G,原核的标准数据量2G,也可根据客户需要增加数据量。原则上讲,测序数据量越大,越有利于发现低丰度的转录本信息。

问:是否必须做生物学重复?

答: 是否做生物学重复试验是客户的自由,但是对于高分文章来说,做生物学重复可以避免取样误差导致的差异,试验及统计结果更为可信。因此建议在经费充足的前提下,尽量做3个及以上的生物学重复比较好。

问:测序机型、程序模式各是什么?

答:测序机型:illumina XTen,程序模式:150bp读长双端测序。

问:怎样选取参考基因组?

答:参考基因组与样本所属物种越近缘,测序数据的利用率越高。可以从Ensembl、NCBI、参考文献或专门的物种网站上得到参考基因组序列文件和注释文件。