微生物分类测序


项目介绍

    随着高通量测序技术的发展以及大量序列数据的积累,今天,我们已经不必再做繁杂的DGGE实验,耗时费力的切胶回收那些小片段序列,进行克隆测序了。通用引物扩增结合高通量测序技术,可以快速检索环境内微生物的群落结构。这项运用我们称之为微生物分类测序。如Illumina公司的MiSeq高通量测序平台不仅可实现对多样品的多个可变区同时测序,而且在测序速度和测序通量上都有进一步提升,目前此平台已在微生物多样性群落结构研究方面受到了广大学者的认可。



实验流程图


分析流程


案例介绍(报告下载)

样品需求

1. 如果客户是送DNA样品,建议浓度大于10 ng/uL,总量200 ng,以Qubit 2.0检测结果为准。

2. 如果客户送的是原始环境样品,建议尽量不要取到宿主/动植物等组织。土壤、水体等环境样本建议采用多点取样法后混匀送至我司。水体样品需过0.45 um的滤膜富集菌体,将滤膜送至我司;土壤请尽可能过筛子,滤掉根须、动植物残渣等高等生物材料。

3. 肠道内容物、粪便类的样品请快速取样、迅速低温保存,避免长时间放置。

常见问题

问:请问宏基因组16sDNA测序与宏全基因组测序有什么区别?

答:宏基因组微生物分类测序只测环境样品中一个基因(分子标记基因),而宏全基因组测序是随机测环境样品中所有的DNA 前者可以得到环境内物种组成情况,后者侧重了解环境中不同的功能基因组成情况,代谢途径。通常情况下,在微生态研究中,建议将宏基因组16sDNA测序与宏全基因组测序相结合,可以更准确、全面的了解微生物菌落结构及功能情况。


问:我做微生物分类测序需要选择哪个区域更合适?

答: 细菌方面,一般做V3-V4区的比较多,我们认为它有一个比较好的覆盖度;真菌方面ITS主要针对真菌多样性研究,18S主要针对真核微生物。根据不同的样品及研究目的所用引物有一定差异,所以最终选择还是请以研究目的相的参考文献为准。


问:文献报道,做16s 测序可以预测功能基因,其准确率如何?

答:对于人类肠道微生物功能预测,其准确度能达到95%左右,但是土壤等环境的准确度较低。