功能基因测序


项目介绍

    通常我们做微生物分类测序项目使用的都是诸如16s/18s/ITS rDNA的可变区,经过通用引物扩增,比对RDP/silva/greengene等数据库,了解环境样品的微生物多样性信息。这样固然可以了解环境内各类菌群的组成情况,但是却不方便定向分析某些有特定功能的细菌菌群信息。比如了解环境内含有固氮、氨氧化、硝化/反硝化等功能基因的菌群分布情况。

    随着测序技术的发展,科学家们也逐步的收录了大量amoAdsrBnxrAnifH等基因序列信息,并集结成数据库。其中http://fungene.cme.msu.edu/收录的信息比较全面。

    针对上述需求,生工生物可以提供大量不同的功能基因检测服务。通过整合功能基因及Illumina测序接头引物,按照16s Rrna测序模式进行高通量测序,以满足科研用户多样化的研究需求。

实验流程图


案例介绍(报告下载)

样品需求

样类型及要求

土壤,污泥,菌粉

0.5-1g

粪便,内容物,动物组织,肠道组织

0.5-2g

污水(浑浊),菌液,发酵乳

5-10mL

滤膜,碳毡

1-2张

活性炭,(沙)石子,碳刷,填料等表面富集有菌群的样品

2-5g

DNA,PCR产物

总量 ≥ 200ng、浓度 ≥10ng/μL

备注:

a)如客户送的是原始环境样品,建议尽量不要取到宿主/动植物等组织。土壤、水体等环境样本建议采用多点取样法后混匀送至我司。

b)水体样品(清澈)过0.22 um的滤膜富集菌体,滤膜送至我司。

c)土壤请尽可能过筛子,滤掉根须、碎片的植物叶片等残渣。

d)肠道内容物、粪便类的样品请快速取样、迅速低温保存,避免长时间放置。

常见问题

问:我做微生物功能基因多样性分析测序为什么需要合成引物?

答:因为不同客户的引物选择会有细微差别,导致扩增效率、覆盖度有所差异。因此可能客户有特别需要的,需要合成带barcode的新引物,以区别不同样品信息。

问:为什么引物扩增片段长度要在500bp以内?

答: 我们的测序平台为Miseq2*300,即测序范围在600bp以内。测序时需加一些接头及index标签,所以PCR扩增片段大小要在500bp以内,以保证双向能高质量测通。