细菌基因组完成图测序


项目介绍

    在三代测序技术出现之前,由于细菌基因组存在一些重复区域或者高GC区域等因素,仅仅利用二代测序数据是难以获得细菌基因组全序列的。随着PacBio SMRT测序技术的成熟,其平均读长可以达到10kb及以上,且没有严重的测序偏好,因此可以顺利拼接到细菌基因组的完整序列,达到0 gap状态,甚至可以拼接到细菌所携带的一些质粒完整序列。细菌基因组完成图测序可以为后续微生物基因解析奠定的坚实基础。



实验流程图

二代测序实验流程图


三代测序实验流程图


案例介绍(报告下载)

样品需求

1. 原始样本

1)建议用1.5 mL/2 mL/50 mL灭菌离心管收集足够菌体,离心去上清,获得菌体500 mg以上,送3-5管菌体以备用;

2)如果样品具有致病性,我们强烈建议直接提供DNA样品,否则菌体必须做灭活处理;

2. DNA样品

1) 常规文库(二代测序):浓度≥ 10ng/ul,总量 1~ 2ug;Paibio文库(三代测序):≥ 50ng/ul,总量至少满足20 ug,以Qubit 2.0检测结果为准;

2) 样品纯度:OD值260/280应在1.8~2.0;

3) 样品质量:基因组完整、无降解;

4) 样品包装:用封口膜密封样品,DNA低温运输。

常见问题

问:1.做细菌基因组完成图测序是否必须做三代测序?

答:由于细菌基因组存在高GC区、低复杂度区、重复区、和高AT区等区域,仅以二代测序(Illumina)平台来测序的话,这些区域往往是无法测到或者无法有效拼接的。但是三代测序(PacBio)技术以其优异的长读长特征(最高可达70kb,平均达到10kb以上),可以轻松测通上述区域。且PacBio测序文库构建无需PCR富集,因此不存在GC偏好。所以只有结合三代测序数据,才能有效拼接到细菌基因组的全长。


问:2.做细菌基因组完成图与框架图的结果区别在哪里?完成图有哪些优势?

答:框架图意思是允许有GAP,这些区域可能会有一些基因无法解析到。但是完成图一般指无Gap,则可以解析到全部基因。