微生物基因组重测序


项目介绍

    目前越来越多的微生物基因组被解析出来了。从而使得科研工作者们可以对某些物种微生物进行物种进化、种群特征、选择压力等研究。利用高通量测序技术,对有参考基因组微生物进行多个体的基因组重测序,精准分析其与参考基因组的SNPInDelSV等变异信息。

实验流程图

案例介绍(报告下载)

样品需求

1. 原始样本
1)建议用1.5 mL/2 mL/50 mL灭菌离心管收集足够菌体,离心去上清,获得菌体500 mg以上,送3-5管菌体以备用;
2)如果样品具有致病性,我们强烈建议直接提供DNA样品,否则菌体必须做灭活处理;
2. DNA样品
1) 常规文库:浓度≥ 10ng/ul,总量 1~ 2ug,以Qubit 2.0检测结果为准;
2) 样品纯度:OD值260/280应在1.8~2.0;
3) 样品质量:基因组完整、无降解;
4) 样品包装:用封口膜密封样品,DNA低温运输。

常见问题

问:1.想要研究某个微生物的基因组,是进行基因组de novo还是重测序?

答:还是需要根据具体的研究需要来判断的。如果已知某个微生物有完成度较好的参考基因组,且您研究的目标是比较两株菌之间的SNV、InDel等信息,以便确认突变基因与表型性状的关系,那么就做基因组重测序。如果您的目标微生物没有完成度较好的参考基因组,则建议做De novo测序。