BSA测序


项目介绍

    BSA(Bulked Segregant Analysis)混合分组分析法是一种利用极端性状进行功能基因定位的方法,主要 用于质量性状单基因或数量性状主效基因的定位。BSA性状定位针对目标性状,选择表型极端差异的亲本构建家系,对该家系目标性状表型极端的子代分别混合得到的两个样本池进行全基因组重测序,同时对亲本进行测序,比较两组群体在多态位点(SNP)的等位基因频率是否具有显著差异,进而将目标性状基因定位在染色体区段上。

实验流程图


分析内容

案例介绍(报告下载)

样品需求

性状

样品要求

测序策略

样本混合策略

适用范围

数量性状

OD260/OD280=1.8-2.0DNA浓度>25 ng/ul,样品总量>1.4ugDNA无降解,无污染。

测序深度:亲本至少10×
子代混池:平均每个子代至少,推荐

两个极端性状池:不低于20/池。

1) 有参考基因组序列物种。

2) 家系群体(F2RILsDHBC 等)。

质量性状

两个极端性状池:不低于30/池(推荐选取群体规模的5%-10%比例,且不超过10%比例)。

常见问题

问:1.BSA性状定位适用于哪些研究?

答:理论上来说,BSA性状定位适用于任何发生性状分离的家系群体(F1代群体、F2 代群体、回交群体(BC)、重组自交系(RILs)、双单倍体群体(DH)等),主要应用于质量性状单基因或控制数量性状的主效基因的分析,在动植物育种中应用广泛。

问:2.没有参考基因组的物种能否做BSA性状定位?

答:没有参考基因组的物种可以进行SNP频率差异分析,可以找到候选区段,但是无参定位效果较差,并且缺少注释文件,获得的结果少,所以无参物种一般情况不推荐做BSA性状定位。

问:3.DNA样品如何混池?先混样再提DNA?还是先提DNA再等量混合?

答:先提DNA再等量混合,可以减少系统误差。

问:4.BSA性状定位只适合二倍体物种吗?

答:BSA性状定位主要用于二倍体物种。对于已经组装的多倍体参考基因组物种,例如: “油菜、烟草、棉花”,也可以用BSA进行性状定位。

问:5.BSA性状定位,样品选取和建库策略有什么特殊要求?

答:进行BSA性状定位,一般情况下要求选取2个亲本样品,亲本间目标性状差异显著; 子代样品根据表型,选取极端性状个体分成两组,每组≥20个样品,常用的有F2代群体、回交群体(BC)、重组自交系(RILs)、双单倍体群体(DH)等。两个亲本提取基因组DNA后分别建库,两组子代样品的每个个体提取基因组DNA后进行等量混合,形成两个表型差异DNA pools,然后构建两个子代文库,总共需构建4个文库。

问:6.进行BSA性状定位时能否只测亲本?或者只测子代池?

答:如果研究的性状是EMS诱导的突变性状,可以只测两个子代池(野生型+突变型),或者测1个亲本(野生型)和1个子代池(突变型)。如果研究的性状是数量性状,最好测2个亲本和2个子代池,如果只测两个子代池,假阳性会很高,找出来的SNP很多。

问:7.进行BSA性状定位时,测序深度该如何选择?

答:一般进行数量性状研究的,建议亲本测序深度≥10x,子代池≥20x;进行质量性状研究的,建议亲本测序深度≥10x,子代池≥30x;两组混合池的样本数量,要求≥20个样品/池。

问:8.除EMS诱变外其他诱变方式得到的性状可否采用BSA性状定位?

答: BSA性状定位是基于SNP,通过比较SNP频率差异进行分析的,EMS诱发的是点突变,所以EMS诱发的突变适合这种分析方式;其他的诱变方式诱发的大部分是结构变异,在SNP水平上可能找不到导致目标性状差异的区域,所以不适合SNP频率分析的方法。