宏全基因组测序


项目介绍

    宏基因组指特定环境样品内全部遗传物质的总和。直接提取环境样品内全部基因组DNA,随后进行大规模高通量测序(shotgun策略)。测到数据后,先进行必要的数据质控,而后进行基因组拼接、注释(物种、基因功能),使得我们可以获取环境样品内菌群分布、系统进化、功能代谢等信息。该方法目前已经得到广泛的运用。


实验流程图


分析流程


案例介绍(报告下载)

样品需求

1. 如果客户是送DNA样品,建议浓度大于10ng/uL,总量1-2ug,以Qubit 2.0检测结果为准。OD260/280=1.8,电泳检测无明显弥散。

2. 如果客户送的是原始环境样品,建议尽量不要取到宿主/动植物等组织,例如土壤请尽可能过筛子,滤掉根须、碎片的植物叶片等残渣。以提高微生物基因组信息量。最后将样品干冰或者至少4度运输至我司。

3. 如果是水体样品,建议客户先过0.45um的滤膜,最后将样品干冰或者至少4度运输至我司。

常见问题

问:1.我想做宏全基因组测序,请问测多少数据量合适?

答:由于环境样品内菌群相对比较丰富,总基因组信息非常庞大。目前随着高通量测序成本的下降,大多数客户都测6G以上数据量。但是原则上讲,测序数据量越大,越有利于发现低频的基因信息。

问:2.我做宏全基因组测序,是否必须做生物学重复?

答: 是否做生物学重复试验是客户的自由,但是对于高分文章来说,做生物学重复可以避免取样误差导致的差异,试验及统计结果更为可信。因此建议在经费充足的前提下,尽量做3个或以上的生物学重复比较好。